17 сентября 2018 года в состав учредителей Национального агентства развития квалификаций включены Министерство просвещения Российской Федерации и Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (распоряжение Правительства Российской Федерации от 17 сентября 2018 г. № 1958-р).

Ранее входившее в состав учредителей Национального агентства Министерство образования и науки Российской Федерации преобразовано в Министерство просвещения Российской Федерации и Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (Указ Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти»)

Учредители Национального агентства на 17 сентября 2018 года:

1.     Российская Федерация, от имени которой функции и полномочия учредителя осуществляет:

- Министерство труда и социальной защиты Российской Федерации;

- Министерство просвещения Российской Федерации;

- Министерство науки и высшего образования Российской Федерации.

2.     Российский союз промышленников и предпринимателей.

3.    Общероссийский союз «Федерация Независимых Профсоюзов России».